A la croisée des sciences du vivant, des « big data » et de l’intelligence artificielle, Cytomine, spin-off de l’Université de Liège, développe une plateforme logicielle web d’exploration et d’analyse d’images pouvant être de très haute résolution (multi gigapixels).

Pour qui et pourquoi ?

Cytomine est principalement destiné aux professeurs, chercheurs, praticiens, aux institutions et aux entreprises impliquées dans le monde de la santé. Ces dernières années, ces scientifiques se voient de plus en plus limités dans leur pratique par la quantité astronomique de données d’imagerie qu’ils génèrent. A tel point, qu’il est devenu souvent impossible de gérer ces données et d’étendre le processus de travail au-delà du technicien associé au dispositif d’acquisition.

« Actuellement, les images trop grandes pour pouvoir être partagées en l’état via Internet doivent être partagées sur support physique, ce qui ralentit et complique considérablement le processus de travail collaboratif. »

L’objectif de Cytomine est clair : rendre la vie plus facile aux équipes multidisciplinaires devant traiter de telles images !

Pour quoi ?

Sous licence open source, Cytomine utilise des méthodologies de développement web et du « Machine Learning » pour faciliter :

  • l’accessibilité
  • l’organisation
  • l’exploration
  • le partage
  • l’analyse

d’images via le web, sans limitation par rapport à leur taille ou à leur format, le tout dans un environnement facilitant le travail collaboratif.

Cytomine a été initié en partenariat avec le Dr Cataldo, du laboratoire de pneumologie et allergologie du CHU de Liège. L’objectif était l’aide au diagnostic anatomo-pathologique du cancer du poumon et l’évaluation de nouveaux traitements. Par la suite, Cytomine a été continuellement développé en collaboration avec des experts-métiers (professeurs, médecins, techniciens, …), assurant l’adéquation du logiciel avec les besoins de la profession.

Image d’une lame numérisée de poumons de souris, et visualisée dans le logiciel Cytomine. Au centre de l’image, une annotation faite par un utilisateur met en évidence une zone présentant des cellules tumorales. Le cadre noir de droite est spécifique à toute la lame, le cadre noir de gauche est spécifique à l’annotation sélectionnée.

Les sciences du vivant, mais pas seulement !

Cytomine reçoit de nombreuses demandes de collaboration dans d’autres domaines d’applications (biologie, restauration d’œuvres d’art, secteur minier, imagerie spatiale, etc.).

Qui se cache derrière Cytomine ?

Le projet, initié en 2010, est actuellement porté par un quatuor de personnes très complémentaires : Raphaël Marée (docteur en informatique spécialisé dans l’analyse d’images), Grégoire Vincke (diplômé en sciences vétérinaires et développeur de logiciels “open source”), Renaud Hoyoux (diplômé en sciences mathématiques) et Christopher Hamilton (docteur en biochimie et ex-responsable commercial chez Olympus).

De l’innovation, mas pas seulement là où on l’attend…

L’originalité du projet tient aussi au statut de la spin-off :  Cytomine est une coopérative à finalité sociale depuis le 7 février 2017.

« Une coopérative car c’est la forme de société qui s’approche le plus de l’idéal de collaboration et d’ouverture voulu par les porteurs du projet. »

Ce statut permet en effet d’impliquer dans la gouvernance de l’entreprise, de manière démocratique, non seulement ses travailleurs, mais aussi tous les membres de sa communauté (chercheurs, développeurs indépendants, partenaires, clients, etc.).

« A finalité sociale » car la finalité de la coopérative est de produire ses solutions majoritairement en open source, et de favoriser ainsi la recherche et le progrès scientifique en permettant à tout un chacun d’utiliser le logiciel développé dans ce but.

Pour concrétiser ce projet novateur et porteur de valeurs sociales et économiques, les fondateurs préparent une levée de fonds. Investir dans une coopérative comme Cytomine, implique souscrire à des parts. En plus du retour financier, ces parts permettent de participer démocratiquement au développement d’une entreprise et de contribuer, ensemble, à son succès. Il s’agit sans nul doute d’une innovation dans la manière d’entreprendre dans le secteur des nouvelles technologies appliquées au domaine de l’imagerie et de l’intelligence artificielle. Cytomine est en tout cas la première spin-off de l’Université de Liège à se construire sous cette forme. La première, mais certainement pas la dernière !